В первенствах СССР команда из столицы Амурской области впервые приняла участие в 1960 году. До 1970 года включительно «Амур» принимал участие в первенстве СССР среди команд класса Б. Самое высокое достижение за этот период – 5-е место в 1970 году (напомним, что в тот год первое место в зональном турнире занял «Сахалин»»!). С 1971 по 1991 годы «Амур» выступал в первенстве СССР среди команд второй лиги (в 1990 и 1991 годах – в «буферной» зоне второй лиги). За это время команда добилась ряда высоких результатов. Так, в 1972 (следом за ним финишировал «Сахалин!») и 1975 годах «Амур» занимал в зональных турнирах первые места, а в 1974 году он завоевал «бронзу». В 1973, 1976,1979, 1980, 1988 и 1990 годах «Амур» останавливался в шаге от пьедестала почета, занимая четвертые места. В российский период истории команда из Благовещенска дважды играла в первой лиге (дивизионе). Было это в 1992 и 2005 годах. А в 1993-2004, 2006-2009 годах «Амур» являлся неизменным участником первенства РФ среди команд второго дивизиона.

Всего в первенствах СССР и России команда провела 1637 матчей: 616 побед, 394 ничьих, 613 поражений, разница забитых и пропущенных мячей 1899-1935. Наибольшее количество побед «Амур» одержал в 1972 году (27). Самая крупная победа – 7:0 («Локо мотив» из Читы, 1984). Рекорд по наибольшему количеству забитых мячей равняется 66 (1995). Наибольшее количество матчей за «Амур» сыграл Виктор Бондарев – 464 (в период с 1979 по 1997 год). Лучший бомбардир – Андрей Семеренко. Он забил 148 мячей (1978-1995).

Достижения «Амура»:

1-е место: зональный турнир первенства СССР среди команд второй лиги (1972, 1975).

2-е место: зональный турнир первенства России среди команд второго дивизиона (2004, 2007).

3-е место: зональный турнир первенства СССР среди команд второй лиги (1974), зональный турнир первенства России среди команд второго дивизиона (1999), чемпионат РСФСР (1972).

Обладатель Кубка РСФСР (1976). Участник 1/8 финала Кубка России (1995) и 1/16 финала Кубка СССР (1989).

Выступления «Амура» в первенстве России 1992-2009 гг.